一、杀菌消毒
臭氧是一种广谱、高效、快速的杀菌剂，臭氧发生器能迅速杀灭饮水中的多种病原体，病毒和微生物，从而减少对人畜饮水所造成危害。臭氧气是一种极易氧化的物质，利用其氧化性，能在短时间内破坏细菌、病毒和其他微生物的生物学结构，使发生器丧失其生存能力。还有许多化合物使用氧化性来杀灭微生物，从而达到杀灭细菌的效果，如普通氯、高锰酸钾等。但这些杀菌剂不仅速度慢于臭氧杀菌，而且一般的杀菌剂都对人体有害。
二、解毒
利用C0,S02，芥子气等臭氧发生器，可对饮水中的有毒体进行有效的氧化处理。溶解在水中的臭氧能被氧化、分解，从而有效地去除水中的重金属离子、有机毒物、硫化物和玛拉硫酸等有毒物质。
三、脱臭、除异味
在发生器中自然产生臭味的主要成分是氨、硫化氢、甲硫醇、二甲硫化物、二甲二硫等，通过与臭氧发生化学反应，可将臭氧氧化分解为无毒、无臭的物质，从而达到饮水除臭作用。
四、控制藻类
藻类含量高会影响凝聚和沉淀，增加凝聚剂量，堵塞过滤池，缩短过滤池的过滤周期，产生臭味和藻类毒素，与氯作用形成氯化消毒副产物，降低饮用水的安全性。臭氧氧化作用之一是溶解藻类，二是杀死藻类，让死藻更容易被后续过程除去。臭氧气投加量直接影响藻体的溶裂度。
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