臭氧灭菌为溶菌级方法，杀菌彻底，无残留，杀菌广谱，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌毒素。臭氧为气体，能迅速弥漫到整个灭菌空间，灭菌无死角。而传统的灭菌消毒方法，无论是紫外线，还是化学熏蒸法，都存在杀菌不彻底、有死角、工作量大、有残留污染或有异味等缺点，并有可能损害人体健康。如用紫外线消毒，在光线照射不到的地方，则没有杀菌效果，且紫外线存在易衰退、穿透力弱、紫外线消毒器使用寿命不长等缺点。化学熏蒸法也存在不足之处，如对抗药性很强的细菌和病毒，则杀菌效果不明显。
臭氧发生器的臭氧除杀菌消毒之外，臭氧还有其他作用，如漂白、脱色、除臭、分解重金属。例如，将臭氧溶解于水中，几乎能够破坏水中一切对人体有害的物质，比如铁、锰、铬、硫酸盐、酚、苯、氧化物等，还可分解有机物及灭藻等。臭氧发生器具有很强的氧化性，对细菌和病毒有机物等具有很强的氧化反应，直接与细菌、病毒作用，破坏它们的细胞器和DNA、RNA，使细菌的新陈代谢受到破坏，导致细菌死亡。在学校的应用方面，主要在三个方面，教室空间灭菌，饮用水消毒，实验室。
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